《深海迷航》的剧情玩法分为生存模式，自由模式和极限模式三种，在这几种不同的游戏方式中，玩家的存活受到不同条件的制约，从而达到弹性控制游戏难度的目的。同时，开发者也不忘为喜欢建造的玩家准备了创造模式，选择这种模式后，玩家不用为生存和资源担心，可以随心所欲地创造和探索自己的海底世界。
