副本是《雷电2》的核心玩法,战斗的击战快感,技能的特效展现,都在副本中得以体现。而挑战副本需要人物体力,每个角色体力每天有200点体力,大概通关一个副本需要3到5点体力,在每天凌晨6点会恢复至200点。另外,使用20元宝可购买20点体力,针对一些特别热爱下本的童鞋可通过RMB来换取体力。
副本为传统的STG模式,主要以玩家的子弹连击数,以及躲避子弹的能力和完成副本耗时来评判。吃到地面的金币则可以增加分数,如果不幸中弹则会扣分。服务器将记录分数最高的玩家显示在屏幕上方,以激励其他玩家超越。
完成副本后拥有评级系统(从低到高依次为C、B、A、S、SS、SSS)和传统的抽奖环节,支付20铜钱玩家就可以抽奖了,额外抽奖则需要VIP特权。副本中死去可使用复活币复活,复活币3元宝1个。