噩梦运输船3》的背景设定在2249年，人类由于过度开采自然资源处于濒临灭绝的边缘，唯一的希望就是寻找其他星球的资源。来自联合探索组织(United Exploration Corporation)的两个主要力量负责向外太空发射探测器寻找新的能源资源。在距第一颗探测器发射60年之后，人们发现了一颗名叫Argos 9的星球，并探知它的地表下蕴藏着一种具有特殊性质的金属。
玩家所扮演的是前UEC突击队员，他来到Argos 9的采矿殖民地，试图寻找失去联系的家人。但糟糕的命运折磨着他，真相最后变成了噩梦，但他并没有做好准备……
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