《代号达芬奇》以FPS操作模式为主,没有引入现今射击游戏普遍的机械瞄准,普通状态下的射击十字准心和偏移误差都十分理想,连续射击的后坐力也几乎可以无视。在使用弓弩时候十字准心会变成一字准心。
怒气狂暴模式
玩家按下SHIFT后可以切换成近战武器模式,初始状态下为木槌,但具有极高伤害,几乎可以瞬间秒人。
子弹痕迹效果
通常射击游戏都有换弹功能,但本作并无这样的设定,玩家在用光某件武器子弹后,需要一定的强制冷却时间,系统会自动装弹。