《火影忍者》战斗操作采用了横版闯关式的玩法操作,并且在游戏的不同战斗玩法中都有着不同的细节设定。在闯关模式下,虚拟摇杆加虚拟技能的设定毋庸置疑,一个普攻加3个技能在以往的动作游戏中均属常见,不过游戏在此基础之上还增加了密卷技能和通灵术两项独立于角色技能之外的配置技能。而替身术作为闪避技能则直接被设计进入了游戏的决斗场之中,每次使用除了有着15秒的CD之外还需要花费1点大招的能量点。
可以说游戏在战斗的设计上能够让人联想到主机平台的《火影》格斗游戏的设计,每一名角色有着独立的攻击模式,这一先决条件就使得玩家在游戏中每收集一名新角色都能够使游戏的可玩性+1。而游戏的战斗模式方面采用了手机平台最为通用的战斗操作模式,对于玩家来说游戏的上手可谓相当轻松,但是游戏中每一个角色都有着不同的攻击套路,并且可搭配的密卷技能更是能够让游戏的战斗变得更加的丰富。而每个角色的大招设定需要玩家积累4颗能量之后方可释放,当使用大招斩杀敌人时还会出现与主机《火影》相类似的回忆杀画面,可谓酷炫到极致。